سمي المعهد بهذا الاسم نسبة إلى أبو عبدالله محمد بن موسى ( أبو جعفر ) كان من اوائل علماء الرياضيات المسلمين حيث ساهمت اعماله بدور كبير في تقدم الرياضيات في عصره وقد ابتكر الخوارزمي مفهوم الخوارزمية في الرياضيات وعلم الحاسوب (مما اعطاه لقب ابي علم الحاسوب عند البعض ). ومعهد الخوارزمي مؤسسة علمية مختصة بتدريب الكوادر على استخدام الحاسوب والدورات الإدارية والتربوية وتقديم الاستشارات التدريبة واستثمار البرامج بالشكل الأمثل وفق برنامج ودورات تدريبية معتمدة من المؤسسة العامة للتدريب التقني والمهني المشرف على الدورات والبرامج والنظم حيث يمنح المركز شهادات خريجيه شهادات رسمية مصدقة ومعترف بها محليا ودوليا .